V říjnu roku 1715 pevnost dobyli Turci a ostrov Spinalonga se dostal pod osmanskou nadvládu. Přibližně 600 křesťanských obyvatel bylo deportováno a začali se zde usazovat muslimové. V roce 1881 na Spinalonze žilo více než 1 000 muslimů, kteří ale s nezávislostí Kréty a zřízením kolonie pro malomocné museli ostrov opustit. V roce 1903 zde byla krétským státem zřízena stanice pro lidi nemocné leprou, která byla provozována až do roku 1957, kdy byla poslední kolonií pro malomocné v Evropě.