Někdy bývá u bioplynových stanic problematické využití tepla, protože ne vždy bývají v blízkosti vhodné objekty na odběr tepla na vytápění nebo na ohřev teplé užitkové vody. Pokud tato možnost neexistuje, je výhodné alespoň teplo využívat například pro sušení dřeva a nebo zemědělských plodin.